U biljnogeografskom pogledu ima slivno područje Pazinčice submediteranski karakter.
Ovdašnje su biljne zajednice izgrađene uglavnom od listopadnih vrsta drveća i grmlja.
Termofilna (kojoj odgovaraju topliji predijeli) vegetacija  zastupljena je u slijedeća dva staništa;

·    šume medunca i bijeloga graba (Querco-Carpinetum orientalis)
-najtermofilnija je zajednica ovih šuma
·   šume medunca i crnoga graba (Ostrio-Quercetum pubescentis)
-najrasprostranjenija je u slivu Pazinčice
-u sloju grmlja dolaze svib, rašeljka, ruj i kalina obična

Na hladnijim, sjeverno eksponiranim padinama ili u kanjonima potoka, posebno na flišnoj podlozi, dolaze sastojine mezofilne vegetacije.
Zastupljene su u slijedećim  šumskim zajednicama;
·    primorske bukove šume s jesenskom šašikom
- nastanjuje niže položaje i  uske doline
·    šume hrasta kitnjaka s jesenskom šašikom
Mikroklimatski uvjeti unutar jame očigledno razdvajaju floru na dva dijela.
Po obodu jame i na sunčanim stranama dolaze uglavnom vrste termofinog karaktera;
razni šaševi, kukurijek, obični dubačac, koromač.
Na zasjenjenim, sjeveru i sjeveroistoku eksponiranim padinama jame dolaze vrste izrazito mezofilnog karatera; vučji korijen, obični jelenjak, mrtva kopriva.
Uz njih dolazi i mnoštvo papratnjača, mahova i gljiva.

Uokolo jame stanište ima i velik broj ugroženih i zaštićenih vrsta prizemne flore.
Ljiljan zlatan i istarski kukurijek strogo su zaštićene, a  slijedeće su  zavičajne vrste  zaštićene;

• šumska ciklama
•  jetrenka
• mali zimzelen
• veliki kozlac
• kopitnjak 
• poljski kotrljan
• visibaba
• čirnik
• salamunov pečat

Na stijenama oko jame, ali i na zidovima oko kaštela, te na tornju crkve sv. Nikole, česta je istočnojadranska endemična vrsta, piramidalna zvončika (Campanula pyramidalis).