Markantan ponor  pazinskog potoka u krškoj jami vrlo je rano privlačio pozornost, kako znatiželjnih europskih putopisaca tako i znanstvenika i speleologa.
 1770.  Pazinsku  jamu prvi put spominje Alberto Fortis, prirodoslovac iz Padove,  u svojim istraživanjima krškog podzemlja u Istri.
No, prva sustavna istraživanja pazinskog ponora obavio je Edouard A. Martel, poznati francuski  speleolog i istraživač krša.
1893. E. A. Martel i Wilhelm Putick, šumarski stručnjak iz Ljubljane napravili su prvi detaljni nacrt jame. Martel je prepoznao da je ponor nastao djelovanjem vode uzduž pukotina u stijenama, te da vode iz velikog podzemnog jezera (Martelovog jezera) moraju otjecati dalje kroz sifon na dnu.
Dvadesetih godina prošlog stoljeća talijanski geolog Carlo D'Ambrosi ukazuje na podzemnu povezanost  pazinskog ponora sa dolinom rijeke Raše, na istoku Istre. Pokus sa obilježenim jeguljama rovinjskog znanstvenika Massima Selle tu je tvrdnju dodatno potkrijepio.
1967. zagrebački su geolozi i paleontolog Mirko Malez  napravili detaljni nacrt jame i  detaljno razmotrili njezin nastanak. Malez zastupa ranije uvriježenu teoriju po kojoj vode iz jame izviru u Limskom kanalu na zapadu Istre.
Nakon toga jamu istražuje Speleološko društvo Istra iz Pazina, uz pomoć ronilaca iz Pule.
1975. Mitar Marinović je preronio sifon velikog jezera te izronio u slijedećoj, dotada nepoznatoj, spiljskoj dvorani s malim jezerom nazvanim po njemu Mitrovo jezero.
Iako je posljednje trasiranje (bojanje) voda  potvrdilo da one definitivno ne dolaze do Limskog kanala, nego na istok i jug Istre, u najnovijim su istraživanjima pazinski speleolozi otkrili još jedan ponor, u Zelenoj pećini.
Odvodi li Zelena pećina dio voda Pazinčice ipak prema Limskom kanalu?
Odgovor na to pitanje dati će samo slijedeća istraživanja.